ההערכות האחרונות של סוכנויות הביון בשירותי הביטחון הישראליים מעידות כי מספר אסירים הצליחו להיכנס לגדה המערבית הכבושה, על פי "הארץ", וכי הכניסה ללב הערים בגדה המערבית לעצור את האסירים תוביל קרב עם חמושים רבים שינסו להגן עליהם.
על פי "הארץ", ההערכה היא כי תהליך החיפוש אחר האסירים יהיה ארוך, אולי עד מספר שבועות, בשל פיזורם לקבוצות קטנות. גם סוכנויות המודיעין השתכנעו שהשישה מקבלים סיוע מעוזרים הממוקמים משני צידי הקו הירוק, וכי חלק מהעוזרים היו שותפים בסוד הבריחה לפני המבצע.
בגלל ההערכות החדשות, צבא הכיבוש יהיה בחזית החיפושים אחר אסירים, בניגוד לתחילת האירועים בהם הובילו המשטרה ושירות הביטחון בשב"כ את הפעולות.
כמו כן, ישנן הערכות בצבא הכיבוש ובשב"כ כי שירותי הביטחון הפלסטינים לא ימהרו לשתף איתם פעולה במעצר האסירים, כפי שקרה באירועים קודמים דומים. גורם ביטחוני ישראלי אמר ל"הארץ "כי האסירים הפכו לסמל של הפלסטינים ברצועת עזה ובגדה המערבית, וכל ניסיון לתיאום ביטחוני במטרה לעצור אותם ייחשב לבגידה.
שירותי הביטחון הישראלים מעריכים כי ששת האסירים "בסופו של דבר ייעצרו על ידי הכוחות הישראלים, ומתכוננים לכמה תרחישים אפשריים לעצור אותם. התרחיש המפחיד ביותר הוא העימות של כוחות הביטחון עם האסירים שמסתיים במותם." זה ייתכן שסיעות ההתנגדות בעזה ישגרו טילים לעבר ישראל, מה שיוביל לסבב לחימה נוסף.
צבא ישראל והשב"כ מנסים "לצמצם את הלהבות" סביב פעולות החיפוש, בגלל האמונה שהלחץ על ששת האסירים עשוי להוביל לכך שהם יראו את עצמם כאין מה להפסיד, על פי "הארץ".
יחידות מיוחדות בצבא ובמשטרה גויסו לתרחיש זה, בנוסף לתרחיש של לקיחת מספר שבויים ישראלים כבני ערובה במטרה לנהל משא ומתן עם הרשויות.
שירותי הביטחון מעריכים כי מעצרם של הששה כשהיו בחיים, ללא קרבות, יוביל לתגובה פלסטינית פחות חמורה.
הכתב הצבאי של העיתון "הארץ" הצהיר כי ההחלטה לפעול בשקט היא ש"הובילה את גורמי הביטחון הבכירים שלא להיכנס עד עכשיו למחנה ג'נין, או לעצור קרובי משפחה של אסירים הנמלטים מלב הערים ".
הרשויות בשירותי הביטחון הישראלים מתחו ביקורת על החלטת רשות הכלא לפעול נגד האסירים של תנועת "הג'יהאד האסלאמי" מיד לאחר שגילו את בריחתם של ששת האסירים, והצהירו כי ההחלטה התקבלה ללא מחשבה מעמיקה, כתגובה לפגיעה. לכבוד רשות הכלא.