הידיעות התכופות על המבצע בירושלים ומספרי ההרוגים והפצועים של מתנחלים ישראלים, שהתרחשו הערב, יום שישי, גרמו לתקשורת הישראלית לפאניקה ולהלם.
אתרי החדשות והעיתונים של הכיבוש דיווחו, ברציפות, כי מספר ההרוגים הישראלים הגיע עד כה ל-7, בזמן ששירותי הרפואה של הכיבוש מדברים על הימצאות פציעות נוספות, כולל לפחות שני מקרים חסרי סיכוי.
"ערוץ 13" הישראלי התייחס ל"מקצועיותו של מבצע הפיגוע", והצביע על כך ש"התוקף ירה בזו אחר זו, ונפגע בצורה מדויקת. ככל הנראה, יש לו ניסיון בפציעה".
בערוץ 13 הוסיפו, "תוצאות המבצע בירושלים הלילה איומות ואכזריות", חשף כי "מבצע הפיגוע בבית הכנסת המשיך לירות עד שנוטרל", וכי "התוקף ביצע את הפעולה עם א. אֶקְדָח."
עוד ציין כתב הערוץ כי "הפיגוע הזה בוצע מתחת לאפו של השב"כ בירושלים.
יוסי יהושע, הכתב לענייני צבא של עיתון "ידיעות אחרונות", מצדו אמר בטוויטר כי "התרחש הערב פיגוע אכזרי בירושלים".
הוא ציין, "כפי שציינו אתמול, היה חשש במערכת הביטחון מאירוע כזה בירושלים או בגדה המערבית לאחר מבצע ג'נין. זה המבחן החשוב הראשון לממשלה, לא מה שקרה בג'נין או הירי. מעזה".
בתורו, הכתב הצבאי של "ידיעות אחרונות" אישר כי "מערכת הביטחון הייתה מודעת לכך שירי הרקטות מעזה הוא רק תגובה סמלית, כי חמאס רצה להצית את המצב בגדה המערבית ובירושלים".
הוא הוסיף, "למעשה, כל העיניים נשואות לירושלים ולישראל (השטחים שנכבשו ב-1948), אבל קשה מאוד לסכל פיגוע של פלסטיני הנושא תעודת זהות כחולה".
כתב "ערוץ 12" הישראלי מסר כי "הפעולה בוצעה לאחר סיום התפילה בתוך בית כנסת ישראלי, והמתנחלים התאספו בחוץ", וציין כי "מבצע הפעולה נשא תעודת זהות כחולה", כלומר. שהוא אכן פלסטיני מירושלים הכבושה.
לדבריה, המבצע "כואב מאוד" וקראה לעצור לאלתר את השר לביטחון לאומי, איתמר בן גביר, "נפתח לנו קן הצרעה", אמרה.
כלי תקשורת ישראלים מרובים דיברו על החשש של הקהילה הביטחונית ושל המתנחלים מפעולות אחרות הלילה, והדגישו כי "עשרות כוחות משטרה נפרסו באזור שהיו עדים לפיגוע, והם סרקו אותו בחיפוש אחר חשודים".
ההתנגדות הפלסטינית שיגרה שני טילים מרצועת עזה, עם שחר ביום חמישי, לעבר העיר הכבושה אשקלון, בתגובה לתוקפנות הישראלית במחנה ג'נין, שהובילה למותם של 10 בני אדם, בהם אישה, ומספר פציעות.
נור ניוז