בנוגע לנימוקים לדחיית הערעור, הסביר בית המשפט בהחלטה בת 10 עמודים אתמול, יום שישי, כי "ישראל" חוזרת על טיעוניה הקודמים, בהתייחסה לערעורה הראשון, שנדחה ביולי 2025, ובו טענה גם כי לבית המשפט אין סמכות שיפוט.
העיתון העברי "ידיעות אחרונות" ציטט מקורות יודעי דבר שאמרו כי "ישראל" חזרה על טענתה בערעורה השני כי לבית המשפט "אין סמכות שיפוט לדון בפשעים שבוצעו בשטח פלסטיני".

בית המשפט אישר בהחלטתו כי הוא "אינו מחויב לדון בסוגיית הסמכות השיפוטית שהעלתה הישות הישראלית לפני ביצוע צווי המעצר, והסביר כי "הוצאת הצווים בוצעה באופן עצמאי ואינה קשורה מבחינה משפטית לסוגיית הסמכות השיפוטית".
חוגים משפטיים בישראל סבורים כי "הסכם הפסקת האש וחילופי האסירים בעזה עלולים לעצור את העמדות לדין של בית המשפט נגד נתניהו וגלנט".
העיתון העברי "ידיעות אחרונות" ציטט מקורות ישראליים שאמרו כי ההסכם "אינו משפיע רשמית על מהלך התיק, משום שצווי המעצר מתייחסים לפשעים שבוצעו בין ה-8 באוקטובר 2023 ל-20 במאי 2024".
ביולי 2025, בית הדין הפלילי הבינלאומי דחה בקשה רשמית מישראל לבטל את צווי המעצר ולהשעות את החקירה נגד נתניהו וגלנט, שהוגשה ב-9 במאי באותה שנה.
בית המשפט ציין בהחלטתו דאז כי השעיית החקירה, בהתאם לסעיף 19(7) לאמנת רומא, חלה רק כאשר מדינה מערערת על "קבילות התיק", דבר שישראל לא עשתה, שכן... ההתנגדות הוגבלה לסוגיית הסמכות השיפוטית.
ראוי לציין כי בית הדין הפלילי הבינלאומי הכיר בפלסטין כמדינה צד לאמנת רומא ב-5 בפברואר 2021, והעניק לה סמכות שיפוט על השטחים הפלסטיניים שנכבשו ב-1967, כולל עזה והגדה המערבית.
ב-3 במרץ 2021, משרד התובע של בית הדין הודיע ​​על פתיחת חקירה רשמית על המצב הפלסטיני, וב-23 בספטמבר 2024, ישראל הגישה את התנגדותה לסמכות השיפוט של בית הדין, לפי סעיף 19(2) לחוקה.
חודשיים לאחר מכן, ב-21 בנובמבר 2024, בית המשפט לערעורים הראשון הוציא צווי מעצר נגד נתניהו וגלנט באשמת פשעי מלחמה ופשעים נגד האנושות.