یکی از مهم ترین بخشهای سفر روحانی به ژاپن مذاکره خصوصی یک ساعته او با نخست وزیر ژاپن بود.
علیرضا معزی معاون ارتباطات و اطلاع رسانی دفتر رییس جمهوری در جدیدترین توئیت خود در خصوص دیدارهای روحانی و آبه چنین نوشت:
" مذاکره روحانی و آبه با حضور هیات‌های دو کشور طولانی و مبسوط بود. تقریبا درباره همه موضوعات دوجانبه، منطقه‌ای و بین المللی مذاکره و بحث شد. اما آنچه این دیدار را اهمیتی افزون می‌بخشد مذاکرات خصوصی این دو بود که بیش از یک ساعت پشت درهای بسته انجام شد."