در جریان جنگ ایران و عراق، دکتر مصطفی چمران یکی از فرماندهان ایران بود. او با شروع جنگ، به اهواز رفت و ستاد جنگ‌های نامنظم را بنیان‌گذاری کرد. از دیگر کارهای مهم چمران ایجاد هماهنگی بین نیروهای ارتش، سپاه و نیروهای داوطلب مردمی بود که در منطقه حضور داشتند. دکتر مصطفی چمران در 31 خرداد ماه 1360 در مسیر دهلاویه-سوسنگرد بر اثر اصابت ترکش خمپاره به پشت سرش در 49 سالگی به شهادت رسید.